1907 წელს რუსეთის პირველ დუმაში (სახელმწიფო საბჭო) სამსახურის შემდეგ, ილიამ გადაწყვიტა საქართველოს დაბრუნებულიყო. ამავე წლის 28 აგვისტოს თბილისიდან საგურამოსკენ მიმავალ ილიასა და ოლღას წიწამურთან ექვსკაციანი ჯგუფი დაესხა თავს. თავდამსხმელებმა ილია მოკლეს და მიიმალნენ.

ისტორიულ დოკუმენტებზე დაყრდნობით ილიას მკვლელობა ჩაფიქრებული ჰქონდათ სოციალ-დემოკრატებსა და ბოლშევიკებს, ილიას მიერ მათი რევოლუციური გზების დაგმობისა და ხალხში მისი უსაზღვრო პოპულარობის გამო. მეორე მსოფლიო ომის პერიოდში ერთმა მოხუცმა კაცმა აღიარა, რომ რუსეთის ჟანდარმერიამ დაიქირავა ილიას მოსაკლავად. საბჭოთა პერიოდში

ილიას მკვლელობა ქართველმა ხალხმა ეროვნულ ტრაგედიად მიიჩნია. მის დაკრძალვაზე აკაკი წერეთელმა, რომელიც იმ პერიოდში ძლიერ ავადმყოფობდა, წარმოთქვა: "ილიას ფასდაუდებელი წვლილი ქართველი ერის აღორძინებაში მომავალი თაობებისთვის ნიმუშის მიმცემია". ვაჟა-ფშაველა წერდა: „ილიას მკვლელებს რომ შეეძლოთ, საქართველოს მოჰკლავდნენ.“ 1987 წელს საქართველოს მართლმადიდებლურმა ეკლესიამ ილია წმინდანად შერაცხა.