ავტოკეფალიის აღდგენის შემდეგ კათოლიკოს-პატრიარქები იყვნენ:

კირიონ III საძაგლიშვილი 1917-1918 წწ.

ლეონიდე ოქროპირიძე 1918-1921 წწ.

ამბროსი ხელაია 1921-1927 წწ.

ქრისტეფორე II ციცქიშვილი 1927-1932 წწ.

კალისტრატე ცინცაძე 1932-1952 წწ.

მელქისედეკ III ფხალაძე 1952-1960 წწ.

ეფრემ II სიდამონიძე 1960-1972 წწ.

დავით V დევდარიანი 1972-1977 წწ.

ილია II ღუდუშაური-შიოლაშვილი 1977წ.23 XII-დან.

ქართული ეკლესია კათოლიკოსობის შემოღებამდე ანტიოქიის პატრიარქს ექვემდებარებოდა. XI საუკუნიდან საქართველოს ეკლესიის მესაჭემ პატრიარქის ტიტული მიიღო, თუმცა ანტიოქიის პატრიარქები შემდეგშიც ცდილობდნენ, აღედგინათ თავისი გავლენა ქარტულ ეკლესიაზე.ეს ცდები უშედეგო გამოდგა, რადგან კონსტანტინოპოლის პატრიარქებს სხვა პოზიცია ეკავათ.

პირველი კათოლიკოს-პატრიარქი იყო მელქისედეკი (1010-1033წწ), რომელიც რიგით მეექვსე გახდა მსოფლიო პატრიარქთა შორის.

1811-1917წწ. მანძილზე საქართველოს ავტოკეფალია გაუქმებული იყო რუსეთის მიერ.