1927 წლის 29 მარტს ახალი სტილით 66 წლის ასაკში გარდაიცვალა, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქი და მცხეთა-თბილისის მთავარეპისკოპოსი, ეკლესიის მიერ წმინდანად შერაცხული და ქვეყნის ეროვნული გმირი ამბროსი ხელაია.

„ოკუპანტები მართალია ლამობენ შინ და გარეთ ყველა დაარწმუნონ, რომ მათ გაათავისუფლეს და გააბედნიერეს ქართველები, მაგრამ რამდენად ბედნიერად გრძნობს თავს ქართველი ერი, ეს ყველაზე უკეთ ვუწყი მე, მისმა სულიერმა მამამ... [მოვითხოვ] საშუალება მიეცეს ქართველ ერს თვითონ, სხვათა ძალდაუტანებლივ და უკარნახოდ, მოაწყოს თავისი თავი ისე, როგორც ეს მას უნდა, შეიმუშავოს ისეთი ფორმები სოციალ-პოლიტიკური ცხოვრებისა, როგორიც მის ფსიქიკას, სულისკვეთებას, ზნე-ჩვეულებასა და ეროვნულ კულტურას შეესაბამება.“

"...თუ მე ვიცავდი ჩვენი ერის თავისუფლებას, ამის უფლებას მაძლევდა ჩვენი სარწმუნოებრივი მოძღვრება, თუ მე ხმა ამოვიღე რუსეთის დიდმპყრობელობის წინააღმდეგ, დიდმპყრობელობის, ანომალიის წინააღმდეგ ბრძოლას გვირჩევს ერთი ჩვენი უმაღლესი ხელისუფალთაგანი [ლენინი]... როგორც ჩვენს წინაპრებს ტკბილად მიაჩნდათ სამშობლოსა და სარწმუნოებისათვის ტანჯვის მიღება, აგრეთვე ჩემთვის ტკბილი იქნება ის სასჯელი, რომელსაც მომისჯის უზენაესი სასამართლო მშობლიური ეკლესიისა და ერის თავისუფლების დაცვის მიზნით ხმის ამოღებისთვის. ეს იქნება დაგვირგვინება იმ ჯვარისა, რომელიც ჩემგან ნატვირთია და ვატარებ ჩემი ცხოვრების თითქმის 37 წლის განმავლობაში...“

ეს ის სიტყვებია, რის გამოც ჩეკამ ამბროსი ხელაია დააპატიმრა, ეს სიტყვები 1930-იან წლებში რომ ეთქვა, პატრიარქს პირდაპირ დახვრეტდნენ, მაგრამ პრესტალინისტური ბოლშევიკური რეჟიმი ბევრად უფრო რბილი იყო.

1921 წლის 11 ივლისს გარდაიცვალა კატოლიკოს-პატრიარქი ლეონიდე. მის შემცვლელად 1-5 სექტემბერს გელათში გამართულ მესამე საეკლესიო კრებაზე არჩეულ იქნა ამბროსი. მან პირველი წირვა კათოლიკოს-პატრიარქის რანგში აღავლინა 18 სექტემბერს თბილისის სამხედრო ტაძარში. მისი ინთრონიზაცია 1921 წლის 14 ოქტომბერს სვეტიცხოვლობა დღეს მოხდა.

საქართველოს სახელმწიფოებრივი წყობის საკითხში ამბროსი მხარს უჭერდა სახელმწიფოებრივ დამოუკიდებლობას და აქტიურად იყო ჩაბმული ეროვნულ-განმათავისუფლებელ მოძრაობაში. 1922 წლის 7 თებერვალს მან თავისი ცნობილი მიმართვა გაუგზავნა გენუის მსოფლიო სამშვიდობო კონფერენციას. იგი მოითხოვდა საქართველოს შელახული, კანონიერი უფლებების აღდგენას. ამ მიმართვამ, რომელიც ითარგმნა და გამოქვეყნდა რამდენიმე ენაზე, ფართო გამოხმაურება ჰპოვა. „... 1) დაუყოვნებლივ გაყვანილ იქნეს საქართველოს საზღვრებიდან რუსეთის საოკუპაციო ჯარი და უზრუნველყოფილ იქნეს მისი მიწა-წყალი უცხოელთა თარეშისა და მძლავრობა-მიტაცებისაგან; 2) საშუალება მიეცეს ქართველ ერს თვითონ, სხვათა ძალდაუტანებლივ და უკარნახოდ, მოაწყოს თავისი თავი ისე, როგორც ეს მას უნდა, შეიმუშავოს ისეთი ფორმები სოციალ-პოლიტიკური ცხოვრებისა, როგორიც მის ფსიქიკას, სულისკვეთებას, ზნე-ჩვეულებასა და ეროვნულ კულტურას შეესაბამება.

მემორანდუმმა გამოიწვია საქართველოს სსრ-ის ხელისუფლების გაღიზიანება. 2 ივნისს ამბროსი იძულების წესით გაასახლეს საპატრიარქო რეზიდენციიდან. 13 ივნისს ჩეკა-მ დააპატიმრა, დაკითხა და გაათავისუფლა. 17 ბოემბერს მოახდინეს მისი სასახლის კონფისკაცია. 1923 წლის 12 იანვარს ჩეკამ დააპატიმრა ამბროსი და საკათალიკოსო საბჭოს წევრები. გამოძიება გაგრძელდა 1923 წლის სექტემბრამდე. ამავე დროს ხელისუფლებას ჰქონდა გეგმა, ეპისკოპოსების ქრისტეფორესა და დავითის მეშვეობით გადაეყენებინა ამბროსი, მაგრამ ეს გეგმა ჩავარდა.

1 ნოემბერს ამბროსის შინაპატიმრობა შეუცვალეს მეტეხის ციხეში პატიმრობით. მას ეკუთვნის დაპატიმრების დროს წარმოთქმული ცნობილი სიტყვები:

„ჩემი სული ღმერთს ეკუთვნის, ჩემი გული სამშობლოს, ჩემი გვამი კი თქვენთვის დამითმია, მტარვალებო!“.

გარდა გენუის კონფერენციისადმი მიმართვისა, მას ბრალად წაუყენეს საეკლესიო განძეულის დამალვა. სასამართლო პროცესი მიმდინარეობდა 1924 წლის 10-19 მარტს ნაძალადევის სახალხო თეატრის დარბაზში. სასამართლოში ამბროსის ინტერესებს იცავდნენ კირილე ნინიძე და იოსებ ბარათაშვილი. ამბროსი სასამართლომ ცნო დამნაშავედ და მიუსაჯა 7 წლით და 9 თვით თავისუფლების აღკვეთა ქონების კონფისკაციით. 1924 წლის ოქტომბერში ეპისკოპოსებმა ქრისტეფორემ და დავითმა ამბროსის მიმართეს გენუის კონფერენციისადმი გაგზავნილი მემორანდუმის დაგმობის მოთხოვნით. ამბროსიმ მემორანდუმის გაგზავნა არ მოინანია.

1925 წლის მარტში ამიერკავკასიის სფსრ-ის ტერიტორიაზე გამოცხადდა ამნისტია. ამბროსი გაათავისუფლეს 10 მარტს. 1925 წლის შემოდგომაზე მან თანამოსაყრდედ აკურთხა ნინოწმინდელი ეპისკოპოსი კალისტრატე. ხელისუფლების მომხრე ეპისკოპოსების ჯგუფმა ქრისტეფორეს და დავითის მეთაურობით 1926 წლის დეკემბერში ქუთაისში ჩაატარეს საეკლესიო კრება, რომლითაც გაუქმდა საკათალიკოსო საბჭო და შემოღებულ იქნა დროებითი მმართველობა. ამბროსი წავიდა დათმობაზე, თავად ჩაუდგა სათავეში დროებით მმართველობას, ხოლო კალისტრატე გადააყენა. ამბროსის ავადმყოფობის გამო დროებით მმართველობაში ძალაუფლებას ხელისუფლების მომხრე ეპისკოპოსები დაეუფლნენ.

1927 წლის 29 მარტს ამბროსი გარდაიცვალა. დაკრძალეს 3 აპრილს სიონის საკათედრო ტაძარში.

ახალ პატრიარქად, უკვე ხელისუფლების თანხმობით, აირჩიეს ქრისტეფორე ციცქიშვილი და ამ დღიდან ქართული მართლმადიდებლური ეკლესია დაექვემდებარა საოკუპაციო ხელისუფლებას.