სახელმწიფოებრიობის გაუქმების შემდეგ რუსეთის იმპერიამ საქართველოს სამოციქულო მართლმადიდებლურ ეკლესიას შეუტია. მიზანს ავტოკეფალიის გაუქმება და რუსული ეკლესიისადმი დაქვემდებარება წარმოადგენდა. ქართველი ერის წინააღმდეგობამ აიძულა იმპერიის ხელისუფლება საქართველოს ეკლესიის რუსიფიკაციის პროცესში მეტი სიფრთხილე გამოეჩინა. ამ პროცესს ქართველებისათვის მისაღები ფორმა, რომ ჰქონოდა, რუსეთის ხელისუფლებამ წინადადება მისცა კათალიკოს-პატრიარქ ანტონ II-ს შეედგინა საქართველოს ეკლესიის რეორგანიზაციის პროექტი, იგი განზრახ აჭიანურებდა პროექტის შედგენას, ამავდროულად ქართლ-კახეთის კათალიკოს-პატრიარქი უპირისპირდებოდა რუსეთის ძალმომრეობას.

რუსეთის იმპერიის ხელისუფლებამ ანტონ II-ის გზიდან ჩამოშორება განიზრახა, რადგან იგი ერთპიროვნულად წყვეტდა საქმეებს და მის ნაცვლად ვარლამი დაინიშნა. ალექსანდრე I-მა 1809 წელს პეტერბურგში მიიწვია ანტონ II, თითქოს საქართველოს ეკლესიის საქმის მოსაგვარებლად, მაგრამ რეალური მიზეზი სულ სხვა იყო. ანტონმა ავადმყოფობა მოიმიზეზა, მაგრამ ერთი წლის შემდეგ მაინც მოუხდა პეტერბურგში ჩასვლა, ამ დროს მისი და ქართლ-კახეთის ეკლესიის ბედიც უკვე გადაწყვეტილი იყო. იმპერატორი ანტონს სთხოვა უარი ეთქვა საქართველოს ეკლესიის მწყემსობაზე. მიუხედავად იმისა, რომ ანტონმა უარი განაცხადა, იგი მაინც ჩამოაშორეს მეთაურობას და რუსეთში დატოვეს. ალექსანდრემ ანტონის მოსალბობად იგი ორდენებით დააჯილდოვა და ჯამაგირიც უბოძა, მავრამ ანტონის პროტესტი არ წყდებოდა.

საქართველოს ეკლესიის რეორგანიზაციის პროექტი ანტონის ნაცვლად ვარლამს დაევალა, მისი პროექტი 1811 წელს დაამტკიცა იმპერატორმა. მცხეთის საკათალიკოსო ტახტი გაუქმდა, გაუქმდა საქართველოს ავტოკეფალია. კათალიკოს-პატრიარქის თანამდებობა შეიცვალა ეგზარხოსის თანამდებობით. საქართველოს პირველი ეგზარხოსი გახდა -ვარლამი. ამიერიდან დაიწყო ეკლესიის ძარცვა რუსთა მიერ და საქართველოს ეკლესიას რთული დრო დაუდგა. 1811 წელს მცხეთის საკათალიკოსოში არსებიბდა 13 ეპარქია: მცხეთის, რუისის, ურბნისის, რუსთავის, ალავერდის, ბოდბის....რუსეთმა ეპარქიების რაოდენიბა ორამდე შეამცირა : მცხეთის და ალავერდის. ვარლამი უკანასკნელი ქართველი ეგზარხოსი აღმოჩნდა, იგი თანამდებიბას ჩამოაცილეს და დანიშნეს რუსი - თეოფილაქე რუსანოვი. რუსეთის ხელისუფლება ქართული ეკლესიის ქონების სრული ბატონ-პატრონი გახდა.