1810-1811 წლებში მცხეთის საკათალიკოსო ტახტის დაქვემდებარებაში იყო შემდეგი ეპარქიები :

1. მცხეთის

2. სიონის ანუ (ტფილისის)

3. სამთავროს

4. რუისის

5. წალკის

6. სამთავისის

7. ურბნისის

8. ნიქოზის

9. ალავერდის

10. ნინოწმინდის

11. რუსთავის

12. ნეკრესის

13. ბოდბის

გურიაში მხოლოდ ერთი - ოზურგეთის ეპარქია იყო, აფხაზეთი კი სამეგრელოსთან იყო გაერთიანებული.

საქართველო-იმერეთის სინოდალურ კანტორასა და ეგზარქოსს დაევალათ შეემცირებინათ ქართველი სამღვდელოების რიცხვი. გადაწყდა საეპისკოპოსოთა შემცირებაც. 1811 წელს გატარებული რეფორმის შედეგად მცხეთის საკათალიკოსოში არსებული 13 ეპარქია- 2 ეპარქიად, ხოლო 1819 წელს იმერეთის ოთხი ეპარქია ერთ ეპარქიად გაერთიანდა, 1829 წელს სამეგრელოში სამი ეპარქიის ნაცვლად ერთი ეპარქია დატოვეს, რომელიც 1874 წელს გააუქმეს და იმერეთის ეპარქიას შეუერთეს.

საქართველოს ავტოკეფალიის გაუქმების შემდეგ რუსეთის იმპერიის ხაზინას გადაეცა საქართველოს საეკლესიო მიწები და ქართველი საეკლესიო გლეხები. საქართველო-იმერეთის სინოდალური კანტორის სტრუქტურა შემდეგნაირად გამოიყურებოდა - საქართველო-იმერეთის სინოდალურ კანტორას თავმჯდომარეობდა საქართველოს ეგზარქოსი. მის წევრებს ნიშნავდა რუსეთის ეკლესიის უწმინდესი სინოდი. საქართველო-იმერეთის სინოდალურ კანტორას მეთვალყურეობის ქვეშ უნდა ჰყოლოდა საქართველოს ბერძენი სამღვდელოება, მათი ეკლესია-მონასტრები. სინოდალირ კანტორას ნებისმიერი დარღვევა უნდა ეცნობებინა რუსეთის ეკლესიის უწმინდესი სინოდისთვის, რომელიც თავის მხრივ მომხდარს აცნობებდა აღმოსავლეთის მართლმადიდებელ პატრიარქებს. კანტორას ევალებოდა ღვთისმსახურთა გასამართლება, მას დამნაშავესთვის სასულიერო წოდების ჩამორთმევის უფლებაც ჰქონდა. უნდა აღინიშნოს ის ფაქტი, რომ საქართველო-იმერეთის სინოდალურ კანტორას გაცილებით მეტი უფლებები ჰქონდა, ვიდრე მოსკოვის სინოდალურ კანტორას.

1815 წელს ქუთაისში შეიქმნა დიკასტერია, რომელიც იმერეთის ეპარქიებს განაგებდა. დასავლეთ საქართველო არსებული მეორე დიკასტერია გურიისა და სამეგრელოს ეპარქიებს განაგებდა. 1817 წელს საქართველოს პირველმა რუსმა ეგზარქოსმა თეოფილაქე რუსანოვმა იმერეთში საეკლესიო ქონების აღწერა დაიწყო, რასაც 1819- 1820 წლებში იმერეთში დიდი აჯანყება მოჰყვა, რომელიც რაჭასა და გურიაშიც გავრცელდა. რუსებმა აჯანყება დიდი სისასტიკით ჩაახშეს. ოტი გამორჩეული მოღვაწიდან ერთი მიტროპოლიტი- დოსითეოს ქუთათელი მხეცურად მოკლეს, ხოლო მეორე მიტროპოლიტი - ექვთიმე გენათელი რუსეთში გადაასახლეს.