მთელი ცხოვრების განმავლობაში კომპოზიტორს ჯანმრთელობის მხრივ პრობლემები ჰქონდა. 20 წლის ასაკიდან ბეთჰოვენს ყურის ტკივილები დაეწყო, რაც წლების განმავლობაში უფრო და უფრო ძლიერდებოდა. დაახლოებით 1796 წელს ბეთჰოვენი ნელნელა ყრუვდება.

ყურებში მას გუგუნის ხმა ესმოდა, რაც ხელს უშლიდა მუშაობაში და ნორმალურად ცხოვრებაში. დაავადება იმდენად პროგრესირებდა, რომ მოგვიანებითიგი ხალხთან ურთიერთობას ერიდოებოდა. დანამდვილებით უცნობია, რამ გამოიწვია ბეთჰოვენის სმენის დაკარგვა. არსებობს მოსაზრებები, რომ მიზეზი შეიძლება ყოფილიყო სიფილისი, ტყვიით მოწამვლა, ტიფი, სისტემური წითელი მგლურა. გარდა ამისა, ბეთჰოვენს უყვარდა თავის ჩაყოფა ცივ წყალში, რასაც შესაძლოა ემოქმედა მის სმენაზე

1804 წელს ბეთჰოვენს ჰქონდა ძლიერი ცხელება და აბსცესი, რის გამოც კინაღამ მისი თითის ამპუტაცია გახდა საჭირო. 1822 წელს მას პოდაგრა დაუდგინეს. 1823 წელს კი იგი უჩიოდა ტკივილს თვალებში (შესაძლოა ეს იყო უვეიტი)

1812-1820 წლებში ბეთჰოვენს დაემატა ანორექსია და მძიმე ნაწლავური კოლიკა. 1821 წელს კომპოზიტორს აღენიშნებოდა სიყვითლე, ტკივილები და ღებინება, რაც განმეორდა რამდენიმე თვის შემდეგ.

ბეთჰოვენი აქტიურად აგრძელებდა მუსიკის წერას, მაგრამ სიყრუის გამო იძულებული გახდა გამოსვლებზე უარი ეთქვა . დაავადებამ მას მძიმე ფსიქიკური ტანჯვა მოუტანა. მეგობრებს ის რვეულის დახმარებით ეკონტაქტებოდა, რომლებშიც წერდა იმას, რასაც ფიქრობდა. ასე გაგრძელდა დაახლოებით 10 წლის განმავლობაში.

კომპოზიტორის ოჯახში ჯანმრთელობით არავინ გამოირჩეოდა. მამამისი ლოთობით გარდაიცვალა 1792 წელს. დედამისი ტუბერკულოზმა იმსხვერპლა 1786 წელს და ბეთჰოვენის ერთ-ერთი ძმაც იმავე დაავადებით გარდაიცვალა. მისი მეორე ძმა კი გულის ათეროსკლეროზით დაიღუპა.

ბეთჰოვენი გარდაიცვალა 1827 წლის 26 მარტს 56 წლის ასაკში. მის კუბოს ოცი ათასზე მეტი ადამიანი მიჰყვებოდა . ვენის სასაფლაოზე დაკრძალვის დროს შესრულდა ბეთჰოვენის საყვარელი ლუიჯი კარუბინის მესა დო მინორში . საფლავზე გაისმა პოეტი ფრანც გრილპარცერის მიერ დაწერილი სიტყვები:

"ის იყო ხელოვანი, მაგრამ ასევე კაცი, კაცი ამ სიტყვის უმაღლესი მნიშვნელობით... მასზე ის შეიძლება ითქვას, რაც სხვა არვისზე: იგი უდიდეს საქმეებს აკეთებდა, მასში ცუდი არაფერი იყო."

ბეთჰოვენის დაკრძალვა (აკვარელი ფრანც ქსავერ შტობერი, 1827 წ.)

2007 წელს ამერიკელმა მეცნიერებმა, გამოიკვლიეს ბეთჰოვენის თავის ქალას თმა და ფრაგმენტები, მივიდნენ დასკვნამდე, რომ ბეთჰოვენი შეიძლებოდა ტყვიით მოწამვლისგან მომკვდარიყო. ბეთჰოვენის ნაშთებში ტყვიის შემცველობამ ნორმას 100-ჯერ გადააჭარბა. როგორ მოხვდა ტყვია ბეთჰოვენის სხეულში, უცნობია.

თუმცა უკანასკნელმა კვლევამ ეს უარყო და ისიც გამოავლინა, რომ თმის ღერების ნაწილი კომპოზიტორს სულაც არ ეკუთვნოდა, არამედ უცნობ ქალს.

სულ ახლახან, კომპოზიტორის გარდაცვალებიდან თითქმის 200 წლის შემდეგ,

ავთენტური ნიმუშებიდან მოპოვებული დნმ-ის შესწავლამ ცხადყო, რომ ბეთჰოვენის სიკვდილის მიზეზი, დიდი ალბათობით, სულ სხვა რამ იყო. კერძოდ, B ჰეპატიტი, ინფექცია, რომელიც ალკოჰოლის მიღებითა და ღვიძლის დაავადების სხვადასხვა რისკ-ფაქტორის გავლენით გამწვავდა. აღსანიშნავია, რომ ვერ დადგინდა, ზუსტად რა იდგა სმენის დაქვეითებისა და კუჭ-ნაწლავის პრობლემების უკან.

სამაგიეროდ, ბეთჰოვენის თმის ღერებში არსებული და მამის ხაზით მისი ამჟამინდელი ნათესავების Y ქრომოსომების შედარებამ შეუსაბამობა გამოავლინა. ეს 1572 წელს ჰენდრიკ ვან ბეთჰოვენის ჩასახვიდან 1770 წელს ლუდვიგის ჩასახვამდე პერიოდში რომელიმე თაობაში არაკანონიერ ურთიერთობაზე მიანიშნებს.