1953 წელს ბერია დააკავეს, ჩამოართვეს სამთავრობო და პარტიული თანამდებობები და საჯაროდ დაადანაშაულეს, „იმპერიალისტურ აგენტობასა“ და „კრიმინალური ანტიპარტიული და ანტისახელმწიფოებრივი საქმიანობაში“.

ის სიკვდილით დასაჯეს. იგი ჯერ ლეფორტოვოს ციხეში გადაიყვანეს, შემდეგ კი მოსკოვის ოლქის საჰაერო თავდაცვის მეთაურის გენერალ მოსკალენკოს შტაბში, სადაც დააპატიმრეს მიწისქვეშა ბუნკერში. რუდენკოს ოფისმა გამოაცხადა, რომ ბერია და მისი ექვსი თანამზრახველი, წახალისებული იყვნენ უცხოური სადაზვერვო სააგენტოების მიერ, ისინი მრავალი წლის განმავლობაში აწყობდნენ შეთქმულებას საბჭოთა კავშირში ძალაუფლების ხელში ჩაგდების მიზნით, კაპიტალიზმის აღდგენისთვის. შეიქმნა სპეციალური ტრიბუნალი. ბრალდებულებს წარმომადგენლობისა და გასაჩივრების უფლება არ მისცეს. როდესაც სასიკვდილო განაჩენი გამოიტანეს, გენერალ მოსკალენკოს თქმით, ბერია იატაკზე დაეცა და მუხლებზე მოწყალება ითხოვა. ის და მისი თანამოაზრეები წაიყვანეს და სასწრაფოდ დახვრიტეს. მისი ცოლი და ვაჟი გაგზავნეს ციმბირის შრომით ბანაკში.

თუმცა, მანამდე, 26 ივნისს, პრეზიდიუმის ნაჩქარევად მოწვეულ სხდომაზე, ხრუშჩოვმა ბერიაზე თავდასხმა წამოიწყო და დაადანაშაულა, რომ დიდი ხნის განმავლობაში ბრიტანეთის დაზვერვისთვის მუშაობდა და არ იყო ნამდვილი კომუნისტი მორწმუნე. ბერია გაოგნებული იყო და თქვა: „რა ხდება, ნიკიტა?“, ხრუშჩოვმა კი უთხრა, რომ მალე გაიგებდა.

მწერალი და მკვლევარი იური მუხინი წიგნში "სტალინისა და ბერიას მკვლელობა" მკვლელებთან დაკავშირებით განიხილავს თავის ვერსიას. "შეუძლებელია, რომ მკვლელობის იდეა გაჩენილიყო 9 და მეტი ადამიანის თავში. რომელიმა აუცილებლად შეატყობინებდა ბერიას და ის მიიღებდა უსაფრთხოების ზომებს. თუკი ჩაიფიქრა, ერთმა, მაქსიმუმ ცკი-ს პრეზიდიუმის ორმა წევრმა. და ისინი საკუთარი მოტივებით ხელმძღვანელობდნენ. ანუ, ისინი, ვინც მოახდინა ბერიას მკვლელობის ორგანიზება, როოგრც ჩანს, თავიანთი სიცოცხლის გადარჩენაზეც ფიქრობდნენ".

იური მუხინი მთავარ შეთქმულად ნიკიტა ხრუშჩოვს მიიჩნევდა. ხრუშჩოვის ავანტიურულ ბუნებას შეეძლო ებიძგა მეორე მკვლელობაზე, სტალინის შემდეგ. მეორე, ვისაც შეეძლო სცოდნოდა ბერიას მკვლელობის შესახებ, მუხინის აზრით, მალენკოვი იყო. თუმცა მას საეჭვოა, რომ დამოუკიდებლად მიერო გადაწყვეტილება. მკვლელობის განსახორციელებლად ხრუშჩოვმა აირჩია ახლობელი ადამიანები სამხედროებისგან, რომლებთანაც მას ჰქონდა უშუალო კონტაქტი თავისი მუშაობისას უკრაინის კომპარტიის პირველი მდივნობისა და ომის დროს, როდესაც ფრონტის სამხედრო საბჭოს წევრი იყო. მაგალითად, მოსკალენკო- საბჭოთა კავშირის გმირი გახდა ფრონტზე, სადაც სამხედრო საბჭოს წევრი ხრუშჩოვი იყო; სეროვი- ჯერ კიდევ ომამდე შინაგან საქმეთა სახალხო კომისარი იყო ხრუშჩოვთან, 1945 წელს კი ჟუკოვს დაეხმარა გერმანული ბანკების და საცავების ძარცვაში. ომის შემდეგ ჟუკოვი ჩამოაქვეითეს და მოსკოვიდან მოშორებით გაგზავნეს. ანუ, გამოდის, რომ ხრუშჩოვმა შეაგროვა კმაყოფილი გენერლები და ერთი უკმაყოფილო. "ბერიას მკვლელობის საქმეში კი, მთავარი მამოძრავებელი ძალა, რა თქმა უნდა, ხრუშჩოვი იყო. მალენკოვი კი დამხმარე იყო და წარმოდგენა არ ჰქონდა, რა მოიფიქრა ხრუშჩოვმა"-დაასკვნა მუხინმა.

მოლოტოვი, ბერია და მალენკოვი.