ბაგრატის ტაძრის სარესტავრაციო სამუშაოები კვლავ განხილვის საგანია. ჩრდილოეთ კარიბჭეზე არსებული მეათე საუკუნით დათარიღებული ღვთისმშობლის უნიკალური ფრესკა სწორედ ტაძრის სარესტავრაციო სამუშაოებისას დაზიანდა. სასულიერო პირები ამბობენ, რომ უნიკალური ფრესკის წაკითხვა სწორედ ტაძრის რესტავრაციას შეეწირა. მშენებელ-რესტავრატორები ბრალდებებს უარყოფენ. ისტორიკოსები და ხელოვნებათმცოდნეები კი დაზიანების სხვა მიზეზებზე საუბრობენ.