"მანგლისის ქვის ეკლესიის პირველი ისტორიული ხსენება 330-იანი წლებით თარიღდება. ქართველი ისტორიკოსის ლეონტი მროველის აზრით, მანგლისი მეოთხე საუკუნეში ქვემო-ქართლის ისტორიულ რეგიონში ერთ-ერთი უდიდესი ქალაქი იყო. ქრისტიანობაში მოქცეულმა ქართველმა მეფე მირიან III-მ ბიზანტიის იმპერატორ კონსტანტინე I დიდს რელიქვიები სთხოვა ახალი ტაძრების საკურთხებლად. კონსტანტინოპოლიდან წმინდა სალოცავებით დაბრუნებულმა ეპისკოპოსმა იოანემ პირველმა ააგო მანგლისში წმინდა ჯვრის ეკლესია, ამით აღაშფოთა მეფე, რომელსაც სურდა რელიქვიები ჰქონოდა მის დედაქალაქ მცხეთაში.

მანგლისის ტაძრის მთავარი სალოცავი იმ დროისთვის სიცოცხლის მომნიჭებელი ჯვრის ნაწილი იყო, სწორედ ის სადგომი, რომელზეც ქრისტე ჯვარცმის დროს ფეხებით დაეყრდნო. X საუკუნის ისტორიკოსი არსენ კათალიკოსი ამ ეკლესიას წმინდა ნინოს ქმედებებს უკავშირებს. მანგლისის ტაძრის მნიშვნელობის მტკიცებულება არის ის ფაქტი, რომ V საუკუნეში ერთ-ერთ ქართველ ეპისკოპოსს „მეოთხე მანგლისიდან“ ერქვა, ანუ იმ დროს ქალაქს უკვე ცალკე ეპარქია ჰქონდა. VI საუკუნეში მანგლისის ტაძარი ქვეყნის გარეთ გახდა ცნობილი, მასზე პილიგრიმობა მეზობელი სომხეთის ქრისტიანებმა მოახდინეს. 607-608 წლებში სომხურ და ქართულ ეკლესიებს შორის გაყოფის შემდეგ, კათოლიკე აბრაამმა სომხებს მცხეთასა და მანგლისში პილიგრიმობა აუკრძალა. 620-იან წლებში ბიზანტიის იმპერატორმა ირაკლიმ სპარსეთში ექსპედიციის დროს ქართლში მიმავალმა, მანგლისის ტაძრიდან სიცოცხლის მომნიჭებელი ჯვრის ნაწილი გამოიტანა, ამით არა მარტო ტაძარს, არამედ სრულიად ქართულ ქრისტიანობას "ხელ-ფეხი ჩამოართვა".

1840 წლის დანგრეული ტაძრის ხედი, გრიგორი გაგარინის ნახატი საქართველოს პარლამენტის ეროვნული ბიბლიოთეკის შეხვედრიდან.

ამ მოვლენის შემდეგ მანგლისის ტაძრის ისტორიული ხსენება ქრება. მხოლოდ მე-11 საუკუნეში ჩნდება ტაძრის რეკონსტრუქციის მტკიცებულება. შემდეგ ტაძარში გუმბათი შეიცვალა, გარედან კონსტრუქცია ქვით დამშვენდა, შიგნიდან კი მოიხატა. XV საუკუნემდე ტაძრის შესახებ არაფერი იყო ცნობილი, 1441 წელს კი ერთ-ერთ ისტორიულ დოკუმენტში მეფე ალექსანდრე I ტაძარს ახალი სახელით იხსენებს, როგორც ღვთისმშობლისადმი მიძღვნილი. ამ პერიოდში (დიდი ალბათობით XIV საუკუნის ბოლოს) მანგლისის ეპარქიამ დამოუკიდებლობა დაკარგა და თბილისის ანექსია მოხდა. არადა, XVII საუკუნის ბოლოს - მე-18 საუკუნის დასაწყისში მანგლისის ტაძარი სამეფო ტაძრად იყო მიჩნეული, ანუ იმ დროს მანგლისელი ეპისკოპოსი მდიდარი და პატივსაცემი საეკლესიო იერარქი იყო.

1824 წლის კავკასიის ომის დროს ტაძარი დაზიანდა და გაძარცვეს. მწყემსები ცხვრებთან ერთად ცუდი ამინდის დროს მიტოვებულ შენობაში იმალებოდნენ და მასში ცეცხლს აანთებდნენ. ტაძრის კედლები მთლიანად დაიხურა, განადგურდა ფრესკები და ხატები. რუსეთის არმიის მეთაურმა შეკეთების ნაცვლად, ტაძრის გვერდით ახალი ეკლესიის აშენება ბრძანა, რისთვისაც სამშენებლო მასალად სხვა დანგრეული ქართული ტაძრების ქვები გამოიყენეს. 1850 წელს მანგლისის ტაძრის რესტავრაცია იმიტომ დაიწყო, რომ კავკასიაში ქრისტიანული სალოცავების აღდგენით დაინტერესებული მიტროპოლიტი ისიდორი მანგლისში ჩამოვიდა დასასვენებლად. შესვენებებით, აღდგენითი სამუშაოები 1862 წლამდე გაგრძელდა. ამის შემდეგ ტაძარი 1884 წლამდე ერივანის პოლკის ეკლესიად დარჩა. აღსანიშნავია, რომ ჩატარებულმა რესტავრაციამ ტაძარი მხოლოდ ფუნქციურად აღადგინა, თუმცა სამუშაოების დროს ბევრი ისტორიული წარწერა და დეკორაციის დეტალი დაიკარგა. კიდევ ერთი რესტავრაცია ჩატარდა 1953-1956 წლებში. შემდეგ მოხდა სახურავის აღდგენა, ფრესკების გასუფთავება და გამაგრება, ნაწილი კი საქართველოს ხელოვნების მუზეუმის კოლექციისთვის მოიჭრა."