XIII საუკუნეში დაპირისპირება მძაფრდება სოციალურ ფენებში, რაც კიდევ უფრო აღრმავებს წინააღმდეგობას საერო და სასულიერო ხელისუფლებას შორის. სასულიერო ხელისუფლებას პაპობის სახით უფრო და უფრო ეზრდება პრეტენზია ხელისუფლების მიმართ. ნათელი გახდა დაპირისპირება ეკლესიასა და ახალ საზოგადოებას შორის. ინოკენტი III, არის პაპი, რომელიც ქმნის ტრაქტატს ამქვეყნიური ამაოების შესახებ, პაპი, რომლის კურთხევითაც ჩამოყალიბდა მათხოვრული ორდენები ფრანცისკანელებისა და დომინიკანელების.

XIII საუკუნის დამდეგს ჩამოყალიბდა ფრანცისკანელთა ორდენი. ეს სახელწოდება მას მიეცა მისი დამფუძნებლის ფრანცისკ ასიზელის მიხედვით. ფრანცისკ ასიზელი, ნამდვილი სახელი ჯოვანი ბერნადონე, დაიბადა ვაჭრის ოჯახში. მან უარი თქვა სიმდიდრესა და ფუფუნებაზე და დაიწყო სიღარიბის ქადაგება. ფრანცსკანელებმა ააღორძინეს ქრისტეს ცხოვრების იდეალი- ერთდროულად როგორც ლოცვით, ასევე აქტიური ცხოვრებით, რომელშიც უპირველეს ადგილს საღვთო ქადაგება იკავებს. ბერები ტოვებდნენ მონასტრის კედლებს, რათა ღვთის სიტყვა უქადაგონ ხალხს. 1206 წელს ფრანცისკმა დაარსა მინორიტების ძმობა, რომელიც შემდეგ გადაკეთდა ფრანცისკანელთა ორდენად. ფრანცისკის მთელი ცხოვრება ქრისტეს ცხოვრების სრული მიბაძვით წარიმართა, მას სიკვდილის წინ სხეულზე გამოესახა ის ჭრილობები, რომელიც მიიღო მაცხოვარმა ჯვარცმის დროს. 1223 წელს პაპმა ჰონორიუს III-მ დაამტკიცა ფრანცისკანელთა ორდენის წესდება. ფრანცისკი და მისი მეგობრები სანდლებსა და ყავისფერ შალის ტუნიკებში გახვეულები დადიოდნენ ხალხში, ქადაგებდნენ სოფლებსა და ქალაქის მოედნებზე. თვითონ ფრანცისკ ასიზელმა ქადაგებით შემოიარა იტალია, ესპანეთი, ეგვიპტე, პალესტინა. ფრანცისკანელები იდგნენ ახალი აზროვნების ერთ-ერთი შედეგის- ეროვნულ ენაზე დაწერილი ლიტერატურის სათავეებთან. ამის მაგალითია იტალიურ ენაზე ასიზელის მიერ დაწერილი ''მზის საგალობელი''.

XIII საუკუნს დამდეგს, თითქმის ფრანცისკანული ორდენის თანადროულად, დაარსდა დომინიკანელთა ორდენი. მისი დამაარსებელი იყო ესპანელი დომენიკ გუსმანი. ეს ორდენი შეიქმნა იმდროინდელ ევროპაში გავრცელებული მწვალებლობის წინააღმდეგ. დომინიკანელთა ემბლემა იყო ძაღლი, რომელიც პირით ანთებულ ჩირაღდანს ატარებდა. ეს ემბლემა ნიშნავდა, რომ დომინიკანელები იცავდნენ ეკლესიას მწვალებლობისაგან. დომინიკანელთა ოფიციალური სახელწოდება იყო ''ძმანი მქადაგებელნი''. თუ ფრანცისკანელები, ძირითადად ხალხში ტრიალებდნენ, დომინიკანელები დროს ბიბლიოთეკებში ატარებდნენ. დომინიკანელთა ორდენიდან გამოვიდნენ შუა საუკუნეების ისეთი დიდი მოაზროვნეები, როგორებიც იყვნენ ალბერტ დიდი, თომა აქვინელი, ბონავენტურა.